La planificación estratégica del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), se enmarca en la Estrategia Española de Ciencia y Tecnología y de Innovación 2013-2020 y el Plan Estatal de Investigación Científica, Técnica y de Innovación 2013-2016, así como en las directrices establecidas a través de la Comisión Mixta formada por representantes del Ministerio de Economía y Competitividad y el Ministerio de Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad.

Para la implementación de dicha estrategia, el ISCIII dispone de los siguientes instrumentos:

• La Acción Estratégica en Salud, que se propone como una actuación programática en el marco del Programa Estatal de Investigación Científica, Técnica y de Innovación 2013-2016 y de cuyas actividades es órgano gestor.
• La política de Centros Propios, Fundaciones, Redes y Consorcios.
• Las Plataformas de Servicios y Científico Técnicas comunes.
• Los conciertos con las Comunidades Autónomas y otras instituciones.

Los objetivos básicos son:

• La generación de conocimiento en ciencias de la salud.
• La producción de un impacto positivo en la salud de la población.
• La generación de riqueza a través de la innovación y la creación de distintas iniciativas de tipo empresarial.
• El impulso del liderazgo internacional del Sistema Español de ciencia y Tecnología